1966年的夏天起,"文化大革命"的风暴席卷中国大地,在这场史无前例的浩劫中,班禅大师也遭到不公正的对待。从1968年春起,他无法与人交谈,冷冰的铁门,灰暗的单人牢房,整个监狱像死一样的沉寂、烦闷、恐惧到极点的时候,他就在牢房里狂怒地奔走,猛烈地敲打铁门,愤懑地呼喊:"打开铁门、把我拉出去,交给群众批斗。""你们为什么不批判我,不提审我,我要见人,我要说话!"班禅在狱中有时故意打翻饭碗,或放风时故意踢看守一脚,以便惹他们生气,找机会吵一架,才感到好受一些。大师后来说:"那些解放军都是好人,他们严格遵守纪律,我骂他们,踢他们,人家跟本不还口,不还手","想吵架、想打架,可是吵不起来,更打不起来"。但是,班禅大师毕竟是意志坚强的人,具有顽强的毅力,他利用坐监的机会,学会了一口流利的汉语,把一本《新华字典》翻破了,攻读了大量毛泽东著作和马列著作,从中获得的知识,终生受用不尽。
1977年10月出狱后,班禅成了北京市的普通公民。每天起来得很早,念过晨经,就出去跑步,从北京站一直跑到天安门广场。他贪婪地呼吸着空气,自由自在地同早起的北京人一块做操,见到任何人都可以亲切地问声好。跑步回来,吃过早点,就看书学习。学习累了,就到胡同里转转,有时自己去买菜、买日用品。他虽然过着普通人的自在生活,但他的年龄毕竟还不过38岁,精力充沛,浑身有使不完的劲。因此当他每天清晨见到长安街上的急急擦肩而过的人流时,他就觉得他们去上班,有工作,多么美好,便勾起他心里一股难以言状的冲动:十几年来,他失去了许多,但令人最痛心的是失去了为祖国效力的机会,失去了为人民服务的权力。当时,班禅仰望天安门城楼,凝视着毛主席的画像,回忆起了1951年"五一"节和1954年国庆节,曾经登上天安门,受到毛主席和其他国家领导人接见的情景。如今,毛主席已长眠在天安门广场上的纪念堂里,刘少奇含冤逝世,朱德和周总理也永远离开了我们,彭德怀、贺龙、陈毅……这些开国功勋,也永远地离去了。
党的十一届三中全会之后,中央陆续为他落实政策,安排工作。1979年7月2日,在政协五届二次会议上,班禅被增选为全国政协副主席。1980年,当选为全国人大副委员长。不久,他就去藏区视察。临行前,邓小平对大师说:"你是我们国家最好的爱国者",视察中"你自己的活动,可以放手,不要顾虑"。"你在这次下去的时候可以说,文化革命中那些事情都错了。你不要怕,就说这是中央领导同志讲的。"班禅受到很大鼓舞,决心把损失的时间夺回来。重新工作后的10年中,大师不辞劳苦,风尘仆仆七次去西藏,三次去青海,两次去四川藏区视察,万里高原到处留下了他的足迹。后来,班禅曾率代表团出访的澳大利亚、尼泊尔及南美数国,增进了各国人民、宗教界人士之间的友谊。
1988年5月,全国人大常委会决定,对班禅大师进行了平反。
班禅大师十分关心继承和发展具有悠久历史的藏族文化传统,非常重视发展教育事业,强调学习和使用藏语文的极端重要性和必要性。在大师的倡导和主持下,于北京创办了中国"藏语系"高级佛学院,他亲自担任院长,培养政治上热爱祖国,宗教上有较高造诣的佛学知识分子。
1989年1月9日,班禅离京去日喀则,参加五世至九世班禅合葬灵塔、东陵札什南捷的落成开光典礼。1月10日,班禅到大昭寺朝拜释迦牟尼佛像,诵经祈祷。1月11日上午,中共中央委员、西藏自治区党委书记热地,把60年代从班禅家没收的档案材料,包括"七万言书"手稿和照片、梦兆录、卦辞等退还给班禅本人。大师面对"七万言书"手稿感慨万千,向在座的人说:"你们看,这意见书,全是我亲手书写,亲自修改的,为了它,我花了不少心血。批判时,说是这个人写的,那个人写的,冤枉了不少人。"1月13日,抵达札什伦布寺。1月22日,举行合葬灵塔的开光典礼,班禅发表了激动人心的长篇讲话。1月23日,班禅邀请参加开光典礼的地专级以上干部举行座谈会,征求他们对藏区工作的意见。25日与有关同志商讨工作。26日给信教群众摩顶祝福。27日听取灵塔建设办公室同志汇报工作,研究表彰奖励建塔有功人员;晚上宴请日喀则地区县以上干部,直至28日凌晨1时多才上床休息;躺在床上,还看了半个多小时的报纸。1月28日4时许,班禅大师感到身体不适,胸部疼痛,医务人员给服了药,躺下小睡了一会儿。8时半醒来,大师说"好多了",神志清醒,医务人员给做心电图;8时35分,大师"噢"了一声,随即昏了过去。后经中央派来的医疗专家小组和地方医务人员多方抢救,均无效,一颗伟大的心脏停止了跳动,终年51岁。